R i deducer amb (K)ubuntu 16.04 – Albert Ruiz Cirera

Aquesta informació està actualitzada dels altres articles que ja hi ha a aquesta web per a versions anteriors. No sé si tots els passos són necessaris, però a mi m’han funcionat. Després de cada explicació hi ha una instrucció que serveix per a fer la modificació des d’un terminal.

Primer observar que l’R que ve amb l’Ubuntu (o Kubuntu) no s’actualitza amb les noves versions que van apareixent, pel que necessitem afegir una font de programes nous on hi ha les últimes versions. Editem el fitxer /etc/apt/sources.list com a administradors i hi afegim la línia
```
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu codename/
```
on codename/ es refereix a la distribució, per exemple, xenial en el meu cas.
Per a editar el fitxer com a administradors podeu executar
```
sudo kate /etc/apt/sources.list
```
on kate fa referència a l’editor de text.
Afegim les claus de seguretat de la nova font executant des d’un terminal:
```
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
```
Actualitzem el llistat de programes amb
```
sudo apt-get update
```
Si ja teníem l’R instal·lat actualitzem el sistema amb
```
sudo apt-get upgrade
```
Si no el teníem instal·lat el cridem des del gestor de programari o amb l’instrucció
```
sudo apt-get install r-base r-cran-rjava
```
Per a evitar errors posteriors instal·lem també aquests paquets:
```
sudo apt-get install libx11-dev libglu1-mesa-dev libxml2-dev
```
Si ja tenim instal·lada una màquina JAVA passem a l’apartat següent. En cas contrari, n’instal·lem una seguint les instruccions de http://www.webupd8.org/2015/02/install-oracle-java-9-in-ubuntu-linux.html i afegim la línia
```
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-9-oracle/"
```
al fitxer /etc/environment (on /usr/lib/jvm/java-9-oracle és on s’ha instal·lat el java).
Afegim el suport de JAVA a l’R executant
```
sudo R CMD javareconf
```
Si dóna error, intal·lem el java d’oracle segons les instruccions de http://www.webupd8.org/2015/02/install-oracle-java-9-in-ubuntu-linux.html i afegim la línia
```
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-9-oracle/"
```
al fitxer /etc/environment (on /usr/lib/jvm/java-9-oracle és on s’ha instal·lat el java).

Instal·lem el JGR i el Deducer a l’R des de el mateix R: primer executem l’R com a administradors amb la instrucció

sudo R --no-save

i després fem còrrer les instruccions següents des de dins de l’R:

install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages('DeducerRichOutput', lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
install.packages('XLConnect', lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://cran.r-project.org') ## per a poder importar fitxers excel

Sortim de l’Ramb
```
q()
```
i l’iniciem sense ser administradors.
Ara engeguem el JGR amb les instruccions
```
library(JGR)
JGR()
```
.
Si ja teniu instal·lat l’R amb l’última versió i tant sols voleu actualitzar els paquets amb les últimes versions: engegueu l’R com a administradors
```
sudo R
```
i executeu
```
update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)
```
Us demanarà des de quina font ho voleu instal·lar i s’actualitzarà.